Cơ sở vật chất của Viện Đại học Cần Thơ tọa lạc trên 4 địa điểm:
Tòa nhà Viện trưởng: là nơi tập trung các bộ phận hành chính của viện đại học.
Khu I: diện tích hơn 5 ha là khu nhà ở, lưu trú xá nữ sinh viên, Trường Trung học Kiểu mẫu, Trường Cao đẳng Nông nghiệp và nhà làm việc của các phân khoa.
Khu II: diện tích 87 ha, là khu nhà học chính của viện đại học.
Khu III: diện tích 0,65 ha, là cơ sở đào tạo đầu tiên gồm khoa Khoa học và Thư viện.
